دانشکده کشاورزی جزو قدیمی­ترین دانشکده های دانشگاه ارومیه می­باشد. این دانشکده نخستین موسسه آموزش عالی در استان آذربایجان غربی است که در سال 1344 زیر نظر دانشکده کشاورزی کرج و به ریاست مهندس شیبانی با پذیرش 40 دانشجو در مقطع کاردانی در باغی به مساحت 15 هکتار تاسیس شد. دانشجویانی که مایل بودند می‌توانستند تا درجه کارشناسی در دانشکده کشاورزی کرج وابسته به دانشگاه تهران به تحصیلات خود ادامه دهند. در سال 1347 با تصویب هیات امنای دانشکده کشاورزی، این دانشکده، از دانشکده کشاورزی کرج مستقل شد. در سال ۱۳۴۸ موافقت نامه‌ای بین بنیاد خاور نزدیک و وزارت فرهنگ وقت جهت افزایش دوره دانشکده از دوسال به برنامه چهار ساله به امضا رسید و جعفر راثی ریاست دانشکده را به عهده گرفتند. در سال 1348 با ایجاد رشته دامپروری، به دانشکده کشاورزی و دامپروری ارومیه تغییر نام داد. با توجه به اینکه در سال 1354 دانشکده دامپزشکی و در سال 1356 دانشکده علوم و دانشکده پزشکی و پرستاری به آن افزوده شد، و در مهرماه 1356، رسماً به دانشگاه ارومیه ارتقا یافت. در تابستان سال 1398 با ادغام دانشکده منابع طبیعی در دانشکده کشاورزی این دانشکده به نام دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی تغییر نام داد.

از گذشته تاکنون مدیریت دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه را آقایان دکتر کماریزاده، دکتر قدیم زاده، دکتر پورمیرزا، دکتر تاجبخش شیشوان، دکتر صمدی، دکتر فرهودی، دکتر غفاری، دکتر خسروشاهی، دکتر فرهومند، دکتر رضازاد باری و دکتر رضایی بر عهده داشته اند. هم اکنون پروفسور محسن اسمعیلی ریاست دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی را عهده دار هستند.