پس از تاسیس دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه در سال 1344, گروه زراعت به عنوان اولین گروه در دانشکده ایجاد گردید. پس از چند سال نام گروه به زراعت و اصلاح نباتات تغییر پیدا کرد. در سال 1391 این گروه به دو گروه مجزا تفکیک و فعالیت مستقل خود را در رشته زراعت و رشته اصلاح وبیو تکنولوژی آغاز نمودند. در مقطع کارشناسی ارشد زراعت، از سال 1377 به تربیت دانشجو می‌پردازد و در همین مقطع گرایش اصلاح نباتات در سال 1387 و گرایش بیوتکنولوژی گیاهی در سال 1388 ایجاد شد. در مقطع دکتری نیز گروه از سال 1385 دانشجوی دکتری زراعت می‌پذیرد. مقطع دکتری در رشته اصلاح نباتات با دو گرایش ژنتیک مولکولی و همچنین ژنتیک بیومتری از سال 1393 به فعالیت‌های آموزشی گروه اضافه گردید. سرانجام در سال 1398 و به دنبال سیاست‌های آموزشی دانشگاه ارومیه دو گروه زراعت و اصلاح و بیوتکنولوژی گیاهی مجددا ادغام و تحت عنوان مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی یک گروه واحد را تشکیل دادند. گروه در حال حاضر از هشت عضو هیئت علمی در گرایش‌های مختلف رشته تولید و هفت عضو هیئت علمی در گرایش‌های مختلف اصلاح و بیوتکنولوژی گیاهی تشکیل شده و دکتر رضا امیرنیا با نظر اعضای هیئت علمی گروه به‌عنوان اولین مدیرگروه برای رشته جدید انتخاب گردید.
گروه در حال حاضر در مقاطع و رشته‌های زیر به تربیت دانشجو می‌پردازد:
1 - کارشناسی
مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی
2 - کارشناسی ارشد
اگروتکنولوژی- اکولوژی گیاهان زراعی
اگروتکنولوژی- فیزیولوژی گیاهان زراعی
اگروتکنولوژی- علوم تکنولوژی بذر
اگرواکولوژی
بیوتکنولوژی کشاورزی
ژنتیک و بهنژادی گیاهی
3 - دکتری
اگروتکنولوژی- اکولوژی گیاهان زراعی
اگروتکنولوژی- فیزیولوژی گیاهان زراعی
ژنتیک و بهنژادی گیاهی
گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی دارای آزمایشگاه‌های مختلف ژنتیک، کشت بافت، فیزیولوژی، تکنولوژی بذر، ژنومیکس و آزمایشگاه مشترک و همچنین گلخانه و مزارع تحقیقاتی مي‌باشد و در زمینه‌های مختلف علوم زراعی و تولید، بهنژادی و بیوتکنولوژی گیاهی فعالیت می‌کند. تربیت کارشناس، محقق و مدرس، گسترش دانش کشاورزی و کمک به اعتلای کشاورزی کشور اهداف آموزشی و پژوهشی گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی را تشکیل می دهند.َ